毒蕈所含毒素随品种不同而异，其发病机制亦不同。如含毒蕈碱，主要是刺激兴奋神经节后胆碱能神经；含溶血毒素(如马鞍蕈酸等)，作用于红细胞使之溶解；含肝毒素(如毒肽和毒伞肽等)则作用于肝细胞，引起肝坏死；而神经毒素(如异嗯唑类衍生物、蟾蜍素等)作用于神经系统，出现神经精神症状；含有吲哚的毒蕈，可致振荡和幻觉，系由于致幻素所致。