一些严重的皮肤和眼的穿透伤以及污染材料的病例可有偶发分枝杆菌复合群的感染.治疗通常为广泛清创和清除异物。
一些严重的皮肤(特别是足部)和眼的穿透伤以及污染材料(猪心瓣膜,乳房植入物,骨蜡)的病例可有偶发分枝杆菌复合群的感染.治疗通常为广泛清创和清除异物.有用的药物有克拉霉素,磺胺甲恶唑(每日50mg/kg),强力霉素(200~400mg/d),头孢西丁(每日200mg/kg)和阿米卡星(每日10~15mg/kg),疗程3~6个月. 
弥散性疾病由鸟分枝杆菌复合群所致的弥散性疾病常见于晚期艾滋病患者,也偶可见于其他免疫抑制状态,包括器官移植和毛状细胞性白血病.在艾滋病时,本病通常是一种晚期表现并可有其他机会性感染同时发生.该病与艾滋病时的结核病不同,后者常出现于艾滋病的早期,或在CD4计数＞200/μl时已明确诊断. 
鸟分枝杆菌复合群所致的弥散性疾病的症状有发热,贫血,血小板减少,腹泻和腹痛,即其特征与Whipple病相似.血,骨髓或小肠活检标本的培养可证实诊断.粪和呼吸道标本虽也可发现细菌,但这些只能表明有细菌生长而不能代表真正的疾病.抗分枝杆菌药物联合治疗可降低菌血症和暂时改善症状,但尚无真正成功的治疗方案,预后极差.