确定内口位置对明确肛瘘诊断非常重要。肛门指检时在内口处有轻度压痛，有时可扪到硬结样内口及索样瘘管。肛镜下有时可发现内口，自外口探查肛瘘时有造成假性通道的可能，宜用软质探针。
确定内口位置对明确肛瘘诊断非常重要。肛门指检时在内口处有轻度压痛，有时可扪到硬结样内口及索样瘘管。肛镜下有时可发现内口，自外口探查肛瘘时有造成假性通道的可能，宜用软质探针。以上方法不能肯定内口时，还可自外口注入亚甲蓝溶液1~2ml，观察填入肛管及直肠下端的白湿纱布条的染色部位，以判断内口位置；碘油瘘管造影是临床常规检查方法。对于复杂、多次手术的、病因不明的肛瘘患者，应做钡灌肠或结肠镜检查，以排除Crohn病、溃疡性结肠炎等疾病的存在。