儿童慢性鼻窦炎的治疗可采用多种方法进行。鼻内可滴用血管收缩剂，有变态反应因素者，可以全身应用抗变态反应药物。6岁以上儿童的慢性鼻窦炎可作负压置换疗法。
儿童急性鼻窦炎以保守治疗为主，无论有无并发症，都应积极给予足量有效的抗生素或磺胺类药物；局部用药以通气引流为主，可用0.5%～1%麻黄素生理盐水喷鼻或滴鼻，年幼儿童禁用滴鼻净以防止损伤鼻粘膜上皮的纤毛，而引起药物性鼻炎；也可行局部热敷及鼻腔蒸气吸入。一部分小儿的急性鼻窦炎可随原发病的痊愈而自行消散。  儿童慢性鼻窦炎的治疗可采用多种方法进行。鼻内可滴用血管收缩剂，有变态反应因素者，可以全身应用抗变态反应药物。6岁以上儿童的慢性鼻窦炎可作负压置换疗法。对慢性鼻窦炎而有腭扁桃体肥大者，则应早期行扁桃体切除术并连同腺样体一并刮除。对迁延不愈的小儿鼻窦炎，在严格掌握适应症的情况下，可考虑施行鼻中隔矫正术、下鼻道鼻内开窗术或鼻息肉切除术。上颌窦穿刺冲洗术及冲洗后向窦内注入抗菌药物，是治疗小儿慢性上颌窦炎久治不愈的有效方法。但此法使用时应操作慎重，以免发生意外，穿刺应在全麻下进行。为了避免反复施行全麻及反复穿刺，可在第一次穿刺获脓后，施行上颌窦塑料管留置冲洗，即从穿刺针芯中置入一细塑料管，以胶布固定于颊部，每日冲洗2～3次，塑料管一般留置5～7天，若无脓性分泌物后即行拔管。  儿童鼻窦炎无并发症时，不要轻易施行手术治疗。可在上述治疗方法的基础上配合中药、针灸、理疗等方法促使其康复。要提高机体抵抗力，加强锻炼，保证营养，不偏食、多吃水果和疏菜；衣着要适度，既要避免受风寒，又不要穿戴过厚。