临床治疗非淋菌性尿道炎要求早期诊断、早期治疗、足量足疗程并有针对性的联合用药治疗，以防止产生并发症。
非淋菌性尿疲乏炎症状虽不十分明显，但如不及时治愈，日久将有出现并发症危险，故应及时到有条件的医院诊治。不要向医生隐瞒病史，也不要自己滥用抗生素，以免延误治疗。只要配合医生治疗，严格遵守医嘱，非淋菌性尿道炎是可以治愈的。由于沙眼衣原体具有独特的生物学特征，对其感染的治疗用药也有特殊的要求，由于沙眼衣原体的生命周期较长，所用的抗生素疗程应延长或使用半哀期长的抗生素，体外药每试验，大环内酶数对沙眼衣原体的作用具有较强的杀菌作用，新型喹诺酮数药等对沙眼衣原体的作用不一。临床治疗非淋菌性尿道炎要求早期诊断、早期治疗、足量足疗程并有针对性的联合用药治疗，以防止产生并发症。一些患者早期治疗不规则、不彻底或者在治病期间仍继续有性行为，造成反复发作或症状不消失。而有些患者症状消失，表面上看起来已痊愈。这二种情况都应注意。非淋菌性尿道炎的治愈标准是：自觉症状消失，尿沉淀物涂片检查无白细胞出现，碘染色涂片为阴性等。只有医院的化验结果才是衡量治愈与否的根据，患者不能以自己的感觉而随意中断治疗。治疗结束后，也要根据医嘱定期到正规机构复查，以观察有无复发。