约有 50%病人初诊被忽略或误诊，约有 20%的患者与淋球菌双重感染，如治疗不彻底可引起附睾炎、前列腺炎、及 Re i L e r氏综合症 (关节炎、结膜炎、尿道炎 )，女性非淋菌性宫颈炎多以宫颈为中心扩散到其它部位。据统计， 70%宫颈炎病人沙眼衣原体“阳性”者，临床无症状，故极易被忽视。
非淋菌性尿道炎，主要由衣原体、支原体等所致的泌尿生殖器炎症。主要通过性接触传播，潜伏期 1- 3周，临床症状与非淋菌性尿道炎相似，但程度较轻，可有尿道刺痒，烧灼感和排尿疼痛，有浆液性或浓性分泌物，有的多需要手挤尿道才见有分泌物溢出，部分患者无症状。约有 50%病人初诊被忽略或误诊，约有 20%的患者与淋球菌双重感染，如治疗不彻底可引起附睾炎、前列腺炎、及 Re i L e r氏综合症 (关节炎、结膜炎、尿道炎 )，女性非淋菌性宫颈炎多以宫颈为中心扩散到其它部位。据统计， 70%宫颈炎病人沙眼衣原体“阳性”者，临床无症状，故极易被忽视。若不及时治疗或治疗不当可引起输卵管炎、子宫内膜炎、习惯性流产、不孕等。 

非淋菌性尿道炎患者有相当部分人不以为然或自行用药，虽然用的是新药、好药，但是因个人的免疫力不同，用药的剂量、疗程、用法都不一样，这些都必须在专业医师指导下治疗，才能达到药到病除的目的。同时，治愈后应定期到医院做细菌培养复查。