所用药物尽量选用对沙眼衣原体和支原体都有效的药物。常用的药物有四环素、二甲胺四环素，强力霉素和红霉素。
非淋菌性尿道炎发病缓慢，病程较长，比淋病更容易引起合并症，一旦合并前列腺炎，治疗将很困难。因此，非淋菌性尿道炎一定要及早治疗，彻底治愈，以免发生合并症。非淋菌性尿道炎治疗一定要连续用药，不要间断，停药不能过早，药量一定要充足。所用药物尽量选用对沙眼衣原体和支原体都有效的药物。常用的药物有四环素、二甲胺四环素，强力霉素和红霉素。具体方案如下 ：

无合并症的非淋菌性尿道炎病人的治疗，可用下列任一药物口服。

(1)四环素，口服每日4次，每次0. 5克，用一周后改为每次服用0. 25克，每日4次，再服2周。

(2)二甲胺四环素 (商品名美满霉素 )，口服每日2次，每次100毫克，连续服用3周。

(3)强力霉素，口服每日2次，每次100毫克，连续服用3周。

(4)红霉素，用法与四环素相同。

(5)氟哌酸口服，每日2次，每次200毫克，连续服用2周。

孕妇和哺乳妇女的非淋菌性尿道炎治疗 :首选红霉素，口服每天4次，每次0. 5克，至少服用7天，一般连续服用3周。禁止用四环素、二甲胺四环素、强力霉素。

同时患有淋病的非淋菌性尿道炎的治疗 :先以青霉素或壮观霉素或头孢霉素治疗淋病，然后再给予四环素或红霉素治疗非淋菌性尿道炎，或者两病采取联合用药治疗。

有合并症的非淋菌性尿道炎的治疗：多采用2种药物联合治疗，如美满霉素与氟哌酸合用，疗程至少4-6周，尤其是并发男性前列腺炎时，治疗时间需要更长，一般为3-6月。治疗过程中要注意的问题 :有的病人症状持续存在，或症状消失后又复发，或反复发作，多半是与有传染性的性伴侣保持性接触有关。因此，对所有的非淋菌性尿道炎患者的性伴侣都应进行检查，在两者彻底治愈前应避免性接触。