甲癣需与其他皮肤病及全身性疾病引起甲改变的疾病相鉴别。例如银屑病的甲病、先天性厚甲症、先天性白甲症、湿疹、硬皮病、脊髓空洞症、雷诺氏病、连续性肢端皮炎、剥脱性皮炎等均可引起指甲的改变，这些甲病常累及数个指甲且常对称发生。
甲癣需与其他皮肤病及全身性疾病引起甲改变的疾病相鉴别。例如银屑病的甲病、先天性厚甲症、先天性白甲症、湿疹、硬皮病、脊髓空洞症、雷诺氏病、连续性肢端皮炎、剥脱性皮炎等均可引起指甲的改变，这些甲病常累及数个指甲且常对称发生。
根据临床表现及真菌直接镜检和真菌培养诊断并不困难。甲下型甲癣真菌含量较少，且常位于甲板的最下部。甲癣及甲真菌病常常先起于一个指甲，不对称发生，其他相邻指甲可以正常。