取皮损行瑞特或姬姆萨染色显微镜下寻找细胞浆内包涵体。包涵体将表皮细胞核挤压到细胞一侧呈半月状。
诊断主要基于临床典型皮疹。其它检查方法如下。 1.皮损细胞学涂片：取皮损行瑞特或姬姆萨染色显微镜下寻找细胞浆内包涵体。包涵体将表皮细胞核挤压到细胞一侧呈半月状。
2.皮损组织病理学检查：病变主要在表皮。表皮向下增生，呈多个小叶状，许多表皮细胞内含有胞浆包涵体。在真皮内通常很少或无炎症反应，但如软疣小体破入真皮，则可出现明显炎症反应，主要为淋巴细胞、多形核白细胞、巨噬细胞。
3.检测血清特异性抗体：目前临床仍未采用。
4.荧光抗体检测传染性软疣抗原：临床仍未采用。
5.其它STD检测：应筛选评估感染其它STD。