尽可能找出原因，消除致病原因，如戒烟、酒，禁用与本病有关的可疑食物，更换可能影响的药物。消除患者恐惧情绪，做好解释工作，使其认为黑毛舌是无害的，一般去除病因后可自动消失。
(一)中医治疗1．辩证治疗(1)内治①脾胃湿热，上蒸于舌症状：舌苔黑，舌质红，胃脘不适，渴喜冷饮但饮不多，大便秘结，口热口臭，脉濡数。治宜清利湿热。方药：除湿胃苓汤加减。②胃热上蒸症状：舌苔发黑似黑色绒毛，口干口臭，腹满拒按，大便燥结，生哺潮热，甚见神昏谵语，脉洪数有力。治宜通腑泻热，急下存阴。方药：大承气汤加减。③脾胃虚寒症状：舌苔发黑，伴见气短乏力，口淡不渴，纳差食少，腹软喜按，大便长期泻泄，脉沉迟无力。治宜益气健脾，理气和胃。方药：香砂六君子汤加减。(2)外治①1：200的黄连溶液涂布局部，每天3～4次。②含漱：鬼臼30g，煎汤含漱；土茯苓60g，煎汤含漱；公英10g，煎汤含漱。2．针灸治疗：主穴取足三里、三阴交、肾俞，配穴取梁门，均用补法，针后加灸；并灸气海，每日1次。3．单验方木贼或青果煎汤含漱。(二)西医治疗1．药物治疗(1)全身治疗①尽可能找出原因，消除致病原因，如戒烟、酒，禁用与本病有关的可疑食物，更换可能影响的药物。②服用乳酸菌素片，以恢复正常菌丛。③病情需要必须继续使用抗生素时，应同时给予菸酸和维生素B族。(2)局部用药①外涂：10％～15％的水杨酸酒精溶液局部涂擦，以溶解角质；3％双氧水局部涂布，但若本剂为诱因，应忌用；口内呈酸性时，可用胰蛋白酶撒布舌上；1：200的黄连素溶液局涂，可使毛状物变短、变软、颜色变淡，甚至消失；若病灶内含有大量白色念珠菌时，应考虑肺部的念珠菌病。可用1％辛酸钠局涂，制霉菌素混悬液10万U／m1外用。②可用弱碱性溶液，如碳酸氢钠溶液含漱。2．其它疗法：在去除病因后可进行局部洗涤或刮除，经数周后可痊愈。
[护理]1．经常保持口腔卫生，停用可疑药物和食物，戒烟酒。2．消除患者恐惧情绪，做好解释工作，使其认为黑毛舌是无害的，一般去除病因后可自动消失。3．积极治疗原发病。4．不滥用抗生素。若需长期应用抗生素须配合服用维生素B。5．平时可用软毛刷擦洗毛舌区。