与患者对肠腔内正常量和质的气体存在时很易感到疼痛一样。IBS的疼痛似乎由小肠平滑肌异常强度的收缩引起或由对小肠肠腔扩张过度敏感引起。可能也存在对胃泌素和胆囊收缩素的高敏感性。
在IBS患者中，小肠和乙状结肠的环形肌和纵行肌对动力异常特别敏感。近端小肠似乎对食物和拟副交感神经药物具有高度反应性。在IBS患者的小肠转运变化多端，而且肠转运时间的变化通常与症状无关联。乙状结肠管腔内压力测定显示功能性便秘可以发生在结肠袋状分节运动呈高反应性时(如收缩的频率和幅度增加)，相反，腹泻与运动功能降低有关。

IBS患者常常发生粘液过度分泌，这与粘膜损伤无关，其原因不明，但与胆碱能神经活动性过高有关。 

与患者对肠腔内正常量和质的气体存在时很易感到疼痛一样。IBS的疼痛似乎由小肠平滑肌异常强度的收缩引起或由对小肠肠腔扩张过度敏感引起。可能也存在对胃泌素和胆囊收缩素的高敏感性。然而，激素的波动与临床症状并不一致。摄入食物热卡的增加可提高肌电图活动和胃活动的幅度和频率。脂肪的摄入可能造成动力高峰延迟出现，这种现象在IBS患者更明显。月经最初几天可能引起短暂前列腺素E2升高，导致疼痛和腹泻加重。这并非雌激素或孕激素所致,而是为前列腺素释放所致。