舌咽神经痛病因目前尚不明了，微血管压迫舌咽神经可能是主要原因。小脑后下动脉等血管压迫舌咽及迷走神经，造成舌咽及迷走神经的脱髓鞘改变，引起舌咽神经的传入冲动与迷走神经之间发生“短路”，引起疼痛即舌咽神经痛。
病因
舌咽神经痛病因目前尚不明了，微血管压迫舌咽神经可能是主要原因。小脑后下动脉等血管压迫舌咽及迷走神经，造成舌咽及迷走神经的脱髓鞘改变，引起舌咽神经的传入冲动与迷走神经之间发生“短路”，引起疼痛即舌咽神经痛。桥小脑肿瘤、动脉瘤、颅底蛛网膜炎、过长的乳突、乳突舌骨韧带骨化以及头颈部外伤等是引起舌咽神经痛继发病变的原因。
发病率
舌咽神经痛发病率大大低于三叉神经痛，二者之比约为1：70-1：100，舌咽神经痛患者多位于50岁年龄段。