窝囊肿因与膝关节腔相通，因此治疗务必二者同时治疗，若单纯切除窝囊肿则极易复发。应全部将囊肿切除，或将其蒂端向四周外翻缝于皮下组织上以避免囊肿复发。
反复发作、囊壁增生肥厚者可手术摘除。手术口应选于侧面，而不宜在髌上方切口，以免术后出现瘢痕性疼痛，摘除滑囊时要完整，以免复发，术后在皮下与髌骨间形成一个空间，易产生血肿，缝合时要消灭死腔，加压包扎，如果是化脓性的滑囊炎，伴发热、局部疼痛，髌前出现异常膨大的滑囊，应该予以切开引流，注意切口的位置及方向，以免将炎症病灶通入膝关节腔内，造成膝关节的感染。还应配合抗菌治疗。鹅趾滑囊炎因与关节腔相通，因此治疗时也应注意勿将感染灶通入关节腔而致膝关节继发感染。

窝囊肿因与膝关节腔相通，因此治疗务必二者同时治疗，若单纯切除窝囊肿则极易复发。应全部将囊肿切除，或将其蒂端向四周外翻缝于皮下组织上以避免囊肿复发。窝囊肿也以保守治疗为主，通过穿刺抽液也可使症状得到缓解，有原发病因的务必根治原发病，也可使滑囊炎消退。长期反复存在的囊肿可予手术治疗。