脊椎结核多起自椎体中心部分，长骨结核多自骨骺部及干骺端开始，短骨常以中央性骨炎的形式出现。这些病灶很容易发生干酪样变化，可发生寒性脓肿，有时可在远离病灶的部位出现。
病理变化以松质骨或海绵质骨最易发生，可能与该处血管网丰富有关。例如：脊椎结核多起自椎体中心部分，长骨结核多自骨骺部及干骺端开始，短骨常以中央性骨炎的形式出现。这些病灶很容易发生干酪样变化，可发生寒性脓肿，有时可在远离病灶的部位出现。结核病变可仅限于骨，是为单纯骨结核，但较少见，其中以肘关节较多。病变亦可开始于滑膜，称单纯滑膜结核，亦较少见。单纯滑膜结核中以膝关节较多，其次为踝和髋。单纯骨结核或单纯滑膜结核如不及时治疗多于数月或数年内发展为全关节结核。