原发性缺陷是肺灌流低下，这是由于宫内窒息而增加肺血管阻力，使血液未能通过肺脏而直接经卵园孔及动脉导管而流入周围动脉。肺缺血损害肺泡上皮细胞，减少表面活性物质的产生。
本综合征的发病原因仍不清楚。有以下三个理论：一，肺或血液中纤维蛋白溶酶系统的改变，有胞浆素原激活因子(plasminogen activator)的抑制物存在，二，肺泡表面活性物质的缺乏或改变，增加肺泡表面张力，从而降低肺顺应性，导致肺不张，窒息，肺血管收缩，进一步降低肺血流量，阻碍肺代谢和表面活性物质的产生，三、原发性缺陷是肺灌流低下，这是由于宫内窒息而增加肺血管阻力，使血液未能通过肺脏而直接经卵园孔及动脉导管而流入周围动脉。肺缺血损害肺泡上皮细胞，减少表面活性物质的产生。临床上当促进肺小动脉扩张，增加肺有效血流量后，气体交换和临床症状好转。