梨形鞭毛虫病人是主要的传染源，尤其携带包囊者，往往一人带包囊全家感染，国内外均有记载。包囊是传播的主要环节，人因吞食被包囊污染的水和食物而感染。
梨形鞭毛虫病人是主要的传染源，尤其携带包囊者，往往一人带包囊全家感染，国内外均有记载。包囊是传播的主要环节，人因吞食被包囊污染的水和食物而感染。包囊在外界抵抗力较强，从冷冻蚀刻复形法的透射电镜观察，将包囊壁劈开，显示囊壁内千余层板状膜结构所组成，表明包囊在外界具有很强的自身保护作用。包囊在潮湿的粪便里能存活3周，在水里能存活5周，在经氯化消毒后的水里也可活2～3天，但在50℃或干燥环境中很容易死亡。包囊在苍蝇消化道可活24小时，在蟑螂消化道内经12天仍有活力。由于粪便中包囊的数量大，在外界环境中抵抗力强，感染方式简单，故本虫流行分布广泛。