人是梨形鞭毛虫病主要的传染源，尤其携带包囊者，往往一人带包囊全家感染，国内外均有记载。包囊是传播的主要环节，人因吞食被包囊污染的水和食物而感染。
人是梨形鞭毛虫病主要的传染源，尤其携带包囊者，往往一人带包囊全家感染，国内外均有记载。包囊是传播的主要环节，人因吞食被包囊污染的水和食物而感染。包囊在外界抵抗力较强，从冷冻蚀刻复形法的透射电镜观察，将包囊壁劈开，显示囊壁内千余层板状膜结构所组成，表明包囊在外界具有很强的自身保护作用。包囊在潮湿的粪便里能存活3周，在水里能存活5周，在经氯化消毒后的水里也可蓝氏贾第鞭毛虫囊活2～3天，但在50℃或干燥环境中很容易死亡。包囊在苍蝇消化道可活24小时，在蟑螂消化道内经12天仍有活力。由于粪便中包囊的数量大，在外界环境中抵抗力强，感染方式简单，故本虫流行分布广泛。人体感染贾第虫后，潜伏期平均为1～2周，最长者45天。相当一部分不出现任何临床症状，成为带虫者，有出现轻微症状者，亦有出现严重症状者，其临床表现以腹痛、腹泻、厌食多见，典型患者表现为以腹泻为主的吸收不良综合征，可有爆发性水泻，恶臭、无脓血，含大量脂肪颗粒。儿童久病不愈可致营养不良、贫血、发育障碍等。如寄生在胆道系统，可出现胆囊炎或胆管炎。若不及时治疗，多发展为慢性，表现为周期性稀便，反复发作，大便甚臭，病程可长达数年。