流行性出血热早期应与上呼吸道感染、流行性感冒、败血症、伤寒、钩端螺旋体病相区别。有皮肤出血斑者应与血小板减少性紫癜区别，蛋白尿应与急性肾盂肾炎、急性肾小球肾炎相区别。
流行性出血热早期应与上呼吸道感染、流行性感冒、败血症、伤寒、钩端螺旋体病相区别。有皮肤出血斑者应与血小板减少性紫癜区别，蛋白尿应与急性肾盂肾炎、急性肾小球肾炎相区别。腹痛应与急性阑尾炎、急性胆囊炎相区别。消化道出血应与溃疡病出血相区别，咯血应与支气管扩张、肺结核咯血相区别。本病有典型临床表现和独特的病期经过，以及血清学检测等，均有助于鉴别。