诊断一般并不困难，凡有化脓性疾病者，突然出现明显寒战高热，肝区疼痛伴叩压痛，肝肿大，白细胞增高提示细菌性感染者，应考虑细菌性肝脓肿。如超声示边界不清的液性占位，诊断已可成立。
超声显像对肝脓肿的诊断、定位与动态观察有重要价值，并可了解脓肿数。一旦脓肿形成，出现液化，超声常示边界不清的液性占位。但尚未液化的脓肿与小于2cm者超声难以一次确诊，而有待多次复测。
诊断一般并不困难，凡有化脓性疾病者，突然出现明显寒战高热，肝区疼痛伴叩压痛，肝肿大，白细胞增高提示细菌性感染者，应考虑细菌性肝脓肿。如超声示边界不清的液性占位，诊断已可成立。如超声导引下经皮肝穿刺获得脓液则可确诊，脓液尚可培养以指导治疗。