鉴别诊断要点：①阿米巴性肝脓肿：常有阿米巴痢疾史；起病较慢，病程较长，病情较轻，少见明显毒血症；脓液似巧克力，一般无细菌，但常可见阿米巴滋养体；大便亦可查出阿米巴滋养体；抗阿米巴治疗有效。
鉴别诊断要点：①阿米巴性肝脓肿：常有阿米巴痢疾史；起病较慢，病程较长，病情较轻，少见明显毒血症；脓液似巧克力，一般无细菌，但常可见阿米巴滋养体；大便亦可查出阿米巴滋养体；抗阿米巴治疗有效。②右膈下脓疡：常有溃疡病穿孔、阑尾穿孔等腹膜炎史，或腹部手术后，通常全身症状略轻于细菌性肝脓肿，仔细的超声显像当不难鉴别肝内抑或肝外脓肿。③肝内胆管结石合并感染：颇难鉴别，但通常临床症状较轻，超声检查常有助于肝内结石的诊断。④伴癌性高热的肝癌：早期细菌性肝脓肿尚未完全液化者有时需与伴癌性高热的肝癌作鉴别，而伴癌性高热的肝癌有癌坏死液化者又需与单个细菌性肝脓肿鉴别。通常肝癌引起癌热多无寒战，肝局部多无明显炎症表现（如凹陷水肿、明显压痛），白细胞值虽可增高但中性不显著增高；常有肝炎、肝硬化背景；70%病人甲胎蛋白（AFP）高于正常值；超声可见有明显边界、有包膜的实质性占位；其他定位诊断方法亦有助鉴别。右下肺炎亦可出现与肝脓肿相似症状，但通过胸部X线与肝超声检查不难鉴别。